Come indicato nello statuto​ del centro di ricerca, alla Presidenza compete l’elaborazione delle linee guida per l'assetto scientifico e gestio​​nale del centro; obiettivo della Direz​ione è promuovere l’attività di ricerca attraverso l’attuazione delle linee guida.

In quanto associazione privata Eurac Research dispone di un'Assemblea dei soci, che si riunisce una volta l'anno per approvare il bilancio e nominare il Consiglio di amministrazione e il Collegio dei sindaci o il Revisore legale​.

Il Consiglio di amministrazione si riunisce periodicamente per approvare le linee amministrative, eleggere gli organi direttivi e redigere il bilancio annuale.

Per quanto riguarda l’attività scientifica, un ​C​omitato scientifico​ indirizza gli studi svolti dagli istituti e ne valuta i risultati. Il Comitato ha anche una funzione consultiva per gli altri organi direttivi in merito a questioni di carattere tecnico-scientifico.

Una serie di uffici gestiscono l’attività amministrativa del centro di ricerca.